Стеблевые и корневые гнили проявляются во второй половине вегетации в виде загнивания стеблей и корней. В зависимости от характера проявления и возбудителя заболевания разделяют фузариозную, угольную, белую и бактериальную гнили.
Бактериальные поражения бывают трех видов.
При поражении Ps. holci обычно перед выбрасыванием метелки в верхней части стебля появляются расплывчатые 1—10 см длиной пятна кремового цвета с широкой темно-бордовой или фиолетовой каймой. У пораженных растений усыхают верхушки и средние листья с краев, а нижние остаются зелеными. Внутренние ткани в местах поражения приобретают сначала вид густой светло-серой, а позже темно-коричневой массы с неприятным приторным запахом. Такие растения бесплодны. Заболевание более распространено на орошаемых землях.
При поражении бактерией P. carotovorum центральный лист растения увядает, скручивается и желтеет, а затем увядает все растение. Пятна на стеблях не образуются, но внутри их обнаруживается серая гниющая зловонная масса. Болезнь чаще проявляется на пасынках кукурузы в условиях орошения.
Е. dissolvens чаще поражает кукурузу в первой половине вегетации. Больные растения отстают в росте, листья их обесцвечиваются. На стеблях, обвертке початков и листьях, особенно у основания стебля, появляются коричневые, затем темнеющие пятна, превращающиеся в гниющую мягкую слизистую массу с неприятным запахом. Через некоторое время прогнившая ткань ссыхается и заметными остаются лишь сосудистые пучки. В месте поражения стебель переламывается и падает на землю. Особенно интенсивно болезнь развивается при избыточной влажности и температуре 25—30°. Заражение растений усиливается при повреждении их насекомыми и почвообрабатывающими орудиями.
Источниками инфекции являются преимущественно неперегнившие растительные остатки, а также зимующие сорняки, пораженные гнилями.
Все гнили вызывают изреженность посевов и очень снижают продуктивность растений. Кроме того, полегание пораженных посевов значительно затрудняет механизированную уборку урожая.
Относительно устойчивы против стеблевых и корневых гнилей гибриды Днепровский 90Т, Днепровский 320 MB и Днепровский 247МВ.